محور‌های این همایش شامل دو بخش «حکمرانی علم و فناوری در مقام نظر» و «حکمرانی علم و فناوری در مقام عمل» است که در بخش نخست موضوعاتی، چون «حکمرانی علم و فناوری در اندیشه امامین انقلاب اسلامی»، «مکاتب و فلسفه علم و فناوری در جمهوری اسلامی ایران»، «نظریه پیشرفت علمی جمهوری اسلامی و جایگاه آن در رویکرد تمدنی»، «نظام مسائل حکمرانی علم و فناوری در جمهوری اسلامی ایران»، «آینده‌پژوهی علم و فناوری با رویکرد تمدنی»، «نظریه و الگوی سیاستگذاری علم و فناوری»، «نظریه و الگوی تنظیم‌گری علم و فناوری»، «مطالعه تطبیقی حکمرانی علم و فناوری در دنیا»، «حکمرانی با شاخص‌ها (تحلیل و بررسی شاخص‌های علم سنجی)»، «نگاشت نهادی مطلوب در حکمرانی عمل و فناوری جمهوری اسلامی»، «تحول در حکمرانی علم و فناوری در گام دوم شورای عالی انقلاب فرهنگی» و «حکمرانی استانی علم و فناوری و برش استانی نقشه جامع علمی کشور» مورد توجه قرار گرفته است.

در محور «حکمرانی علم و فناوری در مقام عمل» نیز موضوعات «نقشه جامع علمی کشور»، «سند دانش‌بنیان امنیت غذایی»، «سیاست‌های آمایش آموزش عالی»، «سند راهبردی کشور در امور نخبگان»، «سند ملی هوش مصنوعی»، «سند جامع روابط بین‌الملل علمی»، «سیاست‌های اجرایی مالکیت صنعتی»، «بنیاد ملی علم؛ پایگاه استنادی جهان اسلام»، «صندوق شورای عالی عتف؛ بنیاد ملی نخبگان»، «جایزه علمی فناوری المصطفی»، «اساسنامه‌های جهاد دانشگاهی و دانشگاه‌های آزاد، تربیت مدرس، شاهد و عدالت و ...»، «تحلیل و بررسی سایر مصوبات کلان ستاد علم و فناوری» و «چالش‌های ساختاری در حکمرانی علم و فناوری» به عنوان موضوعات محوری مقالات پیشنهاد شده است.